美妝蛋可以用卸妝水清洗，但并不建議用卸妝水來清洗。因為卸妝水是比較容易浸透的，針對面部有很好的清潔效果。而對于美妝蛋來說，是有專門用來清潔美妝蛋的清潔劑的，用專門的清潔劑清洗會比較好一些。
美妝蛋用卸妝水清洗是清洗不干凈的，美妝蛋清洗不干凈就會影響使用效果，用專門的美妝蛋清潔液清洗是最好的，而且也不貴，或者用清潔皂洗發水清潔都可以清洗到位。定期清洗美妝蛋可以防止美妝蛋滋生細菌，增加美妝蛋的使用壽命，達到想要的自然服帖妝容效果。
清洗美妝蛋要先準備一個干凈的容器，然后在容器中倒入適量的清水，再加入適量的專用清潔劑。然后把美妝蛋放入水中浸泡10分鐘左右，要保證容器里面的水可以完全浸透美妝蛋，浸泡10分鐘后，用手輕輕的揉搓，反復揉搓之后，最后用清水沖洗干凈。
美妝蛋在清洗完之后不要放在陽光直射的地方進行暴曬。可以先用干凈的紙巾或者干爽的毛巾裹住美妝蛋，吸干它表面的水分，然后再放在陰涼干燥的地方進行晾曬。美妝蛋也不宜過于頻繁的進行清洗，經常化妝的女生可以在一周內清洗二到三次。清洗次數過多也會損壞美妝蛋的柔軟度與質感。
關于美妝蛋的存放問題，可以買一個專門用來放美妝蛋的架子，不用的時候或者清洗之后都可以放在這個架子上，這樣可以更好的存放，也可以防止美妝蛋出現發霉的現象。
